Nació el 28 de agosto de 1966 en Asteasu, Guipúzcoa.

Hijo de José Antonio Lopetegui, levantador de piedras (Harrijasotzaile) conocido con el apodo de «Aguerre II» y que compaginó este deporte con el asador que regentaba junto a su esposa y madre de Lopetegui en la planta baja de su casa. Tiene dos hermanos.

Se formó como portero en la cantera de la Real Sociedad llegando a jugar en el filial de Segunda División B, aunque no debutó en el primer equipo. Fichado por el Real Madrid en 1985 para su equipo filial, el Castilla CF en el que jugó hasta 1988, año en que se le cedió a la Unión Deportiva Las Palmas por una temporada. En 1989, se integró en la primera plantilla del Real Madrid permaneciendo dos temporadas como tercer portero logrando debutar en Liga en un derbi con el Atlético en el estadio Vicente Calderón empatando a tres en la penúltima jornada de la temporada 1989-90.


En 1991 fichó por el Club Deportivo Logroñés, uno de los equipos más modestos de la Primera División. En este club gozó de sus mejores años como portero siendo titular indiscutible durante tres temporadas. Jugó 108 partidos en Primera División con esta formación.

En 1994, firmó contrato con el Fútbol Club Barcelona. Debutó en la temporada 1994-95 con un mal comienzo tras cometer un fallo en la final de la Supercopa ante el Real Zaragoza, y a pesar de que el gol encajado no supuso la pérdida del trofeo, sí que afectó a su trayectoria. Carles Busquets, que fue suplente de Andoni Zubizarreta, se hizo con la titularidad. Durante la temporada 1996-97 fue titular en el partido de ida de la Supercopa de España, aunque tras la llegada de Vítor Baía finalizó como tercer portero.

Con la Selección Española debutó como internacional absoluto el 23 de marzo de 1994, en partido amistoso ante Croacia (0–2), disputado en el Estadio Luis Casanova de Valencia, jugando su primer y único encuentro como internacional. Lopetegui entró en el partido en el minuto 26', en sustitución de Zubizarreta. En ese año también se le convocó como tercer portero por el seleccionador Javier Clemente, para la Copa del Mundo de Estados Unidos, sin llegar a debutar.

En 1997, entra en el Rayo Vallecano para jugar en la Segunda División. El equipo ascendió en 1999 a la Primera División y durante sus tres temporadas en Primera División, jugó 36 partidos de Liga. Al término de la temporada 2001-02 se retiró como jugador.


En la temporada 2003-04, hizo su debut como entrenador con el primer equipo del Rayo Vallecano descendido a Segunda División. Se le destituyó poco después del inicio de la temporada descendiendo a Segunda División B el equipo. En 2006, entró en el Real Madrid como responsable de los ojeadores internacionales del club, volviendo a entrenar en junio de 2008 con el Real Madrid Castilla, primer filial del club, dejando el banquillo al finalizar la temporada tras no ascender al equipo de categoría.

De agosto de 2010 a mayo de 2014, perteneció al cuerpo técnico de la Real Federación Española de Fútbol, primero como seleccionador sub-19 y sub-20, y después de los Juegos Olímpicos de 2012, de la sub-21.

En mayo de 2014, el Oporto de la Primeira Liga de Portugal, le contrata, finalizando su primera temporada segundo en liga a tres puntos del Benfica, alcanzando en la Liga de Campeones los cuartos de final ante el Bayern. Se le destituyó en enero de 2016 cuando el equipo era tercero en liga y en dieciseisavos de Liga Europa, tras caer en la fase de grupos de la Liga de Campeones.

El 21 de julio de 2016, se le presentó en la Ciudad del Fútbol de Las Rozas como seleccionador nacional absoluto, sustituyendo a Vicente del Bosque.

El 12 de junio de 2018, se le anuncia como nuevo entrenador del Real Madrid tras la finalización del Mundial de Rusia, sustituyendo a Zinedine Zidan en el banquillo. El miércoles 13 de junio de 2018, Luis Rubiales, presidente de la Federación Española de Fútbol, confirmó que el guipuzcoano deja el cargo antes de la disputa del Mundial de Rusia.


Casado con Rosa Maqueda, hermana del exjugador del Real Madrid Juan José Maqueda. Padres de tres hijos: Jon, Daniel y María. *buscabiografias.com